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566个全球新冠病毒基因组谱系表明病毒源于武汉
2020-03-24 13:29:20
来源:鹰蛇之夏(微信公号) 作者:兵策儒剑
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摘要
假如病毒是从美国传播开的,这个病毒要传入中国,是首先几乎同时传播到北上广深一线城市,而且输入来源多样(即所谓“多样性”),绝不会只是从武汉一个单点城市先扩散再传播到全国。
  (文章原标题:566个全球新冠病毒基因组谱系图)


  到现在,还有很多人被中国科学院西双版纳热带植物所郁文彬等人论文所误导,其有两个根本性错误,第一,是错误把下游分支说成是可能“古老”类型;第二,是错误进行不科学的人为分组,弄成所谓的“五个病毒株”,其流毒至今还在。学术论文犯下如此错误,可能与其最初分析的全基因组样本少有关(93个),也存在故意蓄意误导目的可能性。还有一篇日本的论文,被不懂基因关系的人拿来乱说,就象不懂英语语法的人乱翻译美国人的一句话一样。

  到2020/03/17,GISAID数据库已有566个来自全球实验室的2019新冠病毒全基因组样本。新增加的全基因组样本主要来自于欧美国家,以及中国广东等地的样本。病毒突变很快,正是基于此,可以构建新冠病毒系统发育树。本文是在本公众号文章《全球192个新冠病毒系统发育树揭示病毒全球传播过程》基础上继续进行分析。

  下图是至今的566个新冠病毒系统发育树全貌。所有分支仍然是根植于武汉最初爆发的两个亚型,即L(大组)和S(小组)。GISAID数据库则分别用A和B分组。

  

 

  现在网站做了一些改进,几乎每个样本的传播关系,都可以在图上可以直观看到。本文不按照网站的原分组编号,而是如上图自行编号,来看看样本量比较多的一些分支详细情况。

  先来看B组。

  B1:这个分支簇较早前的样本有福建、重庆和广东的样本,以及编号为USA/WA1/2020美国华盛顿州西雅图的1号样本,这也是全美最早的一例样本,其和福建8号样本(Fujian/8/2020)关系很近,已发生3步突变。病毒在发生5步突变后,在华盛顿州和加利福尼亚州发生了广泛的社区传播。其中明尼苏达州1号样本(USA/MN1-MDH1/2020)是从加利福尼亚州传播过去的。

  

上图显示分支矩形图,下面地图显示传播关系

 

  B2:该簇分支最早一个样本是2020/1/5号的武汉4号样本。该分支大部分样本都是来自广东和山东的样本。其国际传播关系很复杂。台湾有2例。新加坡有2例。比利时、澳大利亚、美国伊利诺伊州各一例。地图显示美国这例样本是从武汉直接传播的,是一位63岁的芝加哥女性。

  

 

  B3:该簇最早三例样本,都是来自深圳,从2020/1/11-2020/1/13号。另有6例广东样本。2月7号的山东潍坊29号样本(China/WF0029/2020)与3月2号的德国巴伐利亚3号样本(Germany/BavPat3/2020)有较近的关系。有3例日本样本。有美国亚利桑洲凤凰城的1号样本(USA/AZ1/2020)和得克萨斯州的1号样本(USA/TX1/2020),后者是直接输入的湖北病例。

  

 

  B4:该分支簇比较简单,样本全部来自北京和韩国,北京有4个,韩国有7个。在北京的韩国人有不少,其传播关系当比较简单。

  

 

  再来看A组。

  A1:该分支是个国际大簇。最早两例样本分别是1月18号的湖北5号样本(Wuhan/HBCDC-HB-05/2020)和同日的重庆1号样本(Chongqing/IVDC-CQ-001/2020)。法国一例样本是1月29号输入的湖北病例。矩形图显示美国纽约州1号样本(USA/NY1-PV08001/2020)是从伊朗输入的。1例加拿大样本(Canada/BC_37_0-2/2020)也是从伊朗输入的。根据分析,1例美国华盛顿州样本(USA/WA-UW22/2020)也是从伊朗输入的。其他澳大利亚10例、新西兰1例、英格兰3例和德国1例,也被认为是从伊朗传播开的,并发生新的突变和社区传播。该簇还包含有新加坡1例、日本3例、香港2例,与重庆1号样本和另一例英格兰样本聚合在一个小簇内。另外包含广东、山东、荷兰各一例。

  

 

  A2:该分支是个比较奇特分支,样本主要来自于荷兰。最初上传于3月9号。本公众号文章有介绍:荷兰发现新冠病毒新支,对探寻COVID-19起源有新的重大线索。最初该分支与全数据库最早的一例即2019/12/24日的武汉1号样本有密切的根部关系,因为该分支的荷兰大部分样本突变数只有1-2步,使分支位置判定不太可靠,后来几天该分支的位置反复摇摆,现在该簇仍然与武汉1号放在一起。另外该簇内又增加了3例苏格兰样本,和美国明尼苏达州2号样本(USA/MN2-MDH2/2020),分析推测是从荷兰输入的。最初加入的加州6号样本已从本簇移除。

  

 

  A3:该簇目前样本量很多,主要来自于欧洲。其最早的一个样本是1月28号德国巴伐利亚州1号样本(Germany/BavPat1/2020),从传播学溯源,该例样本与在德国工作的一家上海公司职员有关。但是该大簇目前还没有来自中国大陆的基因组样本。有一例66岁的台湾女性样本,矩形图显示是被法国人传染的。从这个大簇又传播到南北美洲,其中包括美国华盛顿州2例和加利福尼亚州1例,以及非洲尼日利亚、刚果、埃塞俄比亚,和亚洲尼泊尔等地。该分支是病毒在突变到第4步时爆发,在5、6、7和8步突变位置上都有大量样本。

  

 

  A4:该分支簇也是一个比较大的国际簇。其最早一例样本是1月22日的美国加利福尼亚州2号样本(USA/CA2/2020),矩形图显示该样本是输入的一位54岁湖北男性病例。也包括有2月7日的武汉5号样本(Wuhan/WH05/2020)。以及两例意大利样本,其中一例为输入的湖北病例。从意大利伦巴第大区输入到巴西一例。有美国华盛顿州3号样本(USA/WA3-UW1/2020),矩形图显示该样本是从韩国输入的。有1例美国纽约州样本(USA/NY-NYUMC1/2020)。其他样本数较多的国家有英格兰、荷兰、芬兰、香港、新加坡、法国、韩国、澳大利亚,以及瑞典、瑞士、台湾和广东各一例。

  

 

  A5:该分支样本数目前不多,有山东、深圳、佛山各一例,加拿大两例均为输入的湖北病例。以及美国加利福尼亚州3号和4号样本。

  

 

  A6:该簇样本主要是中国样本(11例),有广东、江苏、福建的样本。美国威斯康星州1号(USA/WI1/2020)和加利福尼亚州5号(USA/CA5/2020)都是输入的湖北病例。另有新加坡和印度各一例。

  

 

  A7:该分支簇是一个比较庞大的有众多国际分支的大簇。其最早两例样本为2020/1/2的两例武汉样本。经过突变后在本地社区传播的分支有英格兰、美国加利福尼亚州、荷兰、德国、新加坡、澳大利亚分支,以及中国各省、泰国和韩日等样本。

  

 

  从以上分析,正在传播的新冠病毒有几支比较大的有复杂传播关系的国际大簇,也有在本地突变爆发后相对简单的簇,如欧洲大簇、美国华盛顿-加利福尼亚州大簇、荷兰-苏格兰簇等。虽然伊朗确诊数很多,但目前没有直接来自伊朗的基因组数据。意大利和韩日的全基因组样本数也不是很多,他们大概都在全力抗疫。美国早期病例全部是输入病例而非输出病例,且都位于各分支的下游。美国各州病例几乎都有不同的复杂输入源,这是与国际传播逻辑一致的。比如笔者就说过,如果反过来,假如病毒是从美国传播开的,这个病毒要传入中国,肯定是首先几乎同时传播到北上广深一线城市,而且输入来源多样(即所谓“多样性”),绝不会只是从武汉一个单点城市先扩散再传播到全国。

  外交部曾发言,关于新冠病毒来源要尊重科学。大家真的尊重科学了吗?

  做朋友要诚实,国际关系也是如此,否则做不成朋友!不负责任地煽动荷尔蒙最终只会害了国人自己。